Існують декілька методів боротьби з амброзією полинолистою.
Агротехнічний метод включає досходове та післясходове боронування, міжрядний обробіток просапних культур, дискування, лущення стерні, ранню оранку зябу, дотримання технологій вирощування сільгоспкультур.
В межах населених пунктів застосовуються механічний і фітоценотичний методи.
Механічний метод включає знищення амброзії з корінням до початку бутонізації та багаторазове низьке скошування амброзії до початку цвітіння.
Фітоценотичний метод – знищення рослин амброзії на засмічених ділянках шляхом приорювання ґрунту з подрібненням рослинних решток та наступним висівом на цих ділянках багаторічних злаково-бобових травосумішок або газонних трав чи розстиланням газонних рулонів.
За межами населених пунктів (за винятком місць біля водоймищ,пасовищ, курортних зон ) застосовують хімічні методи, зокрема гербіциди суцільної дії та інші, у терміни та відповідно рекомендованих норм витрат згідно із Переліком пестицидів і агрохімікатів, дозволених до використання в Україні.
Для ефективної боротьби з карантинними рослинами необхідно не тільки комплексне застосування механічного, хімічного і фітоценотичного методів, а й підвищення відповідальності за неналежне утримання земельних ділянок їх власників та орендарів, прилеглої території – суб’єктів господарювання. Очищення власних земельних ділянок та прилеглих територій сприяє зменшенню площі розповсюдження карантинних рослин і зниження їх негативного впливу на довкілля.